Hat sich die damalige rot-grüne Regierung entgegen aller Beteuerungen doch am Irak-Krieg mitgewirkt? Gaben die zwei Agenten des Bundesnachrichtendienstes in Bagdad den US-Streikräften kriegsdienliche Hinweise? Um dies herauszufinden, hatte sich der BND-Untersuchungsausschuss im April 2006 konstituiert. Die Gremiumsmitglieder versuchten des weiteren zu klären, warum der türkischstämmige Bremer Murat Kurnaz so lange unschuldig im US-Gefangenenlager Guantanamo einsitzen musste und warum sich Flugzeuge des US-Geheimdienstes CIA mit entführten Gefangenen unbehelligt im deutschen Luftraum bewegen konnten.
Drei Jahre nach Beginn der Untersuchung bezeichnete Max Stadler die Arbeit des Untersuchungsausschusses als "notwendig und erfolgreich". Nur ein solches Gremium habe die Ergebnisse zu Tage befördern können, die dem Bundestag jetzt vorliegen, betonte Stadler. Für ihn steht fest: Die Rechte Einzelner mussten unter der rot-grünen Regierung hinter die "Grundräson der Sicherheit" zurücktreten.
Konkret nannte Stadler drei Ergebnisse: Seiner Ansicht nach steht fest, dass der BND rechtswidrig Journalisten bespitzelt hat. Damit hat der Dienst in die Persönlichkeits- und Pressefreiheitsrechte eingegriffen. Zum zweiten hat die rot-grüne Regierung durch den BND Informationen aus Bagdad an die USA übermittelt. Diese hätten nicht unerhebliche Bedeutung für die Kampfhandlungen gehabt, so Stadler. Drittens hat das "offizielle Nein" der Bundesregierung dazu geführt, dass Deutschland weitere Streitpunkte mit den USA vermeiden wollten. Dies hatte nach Überzeugung Stadlers die Konsequenz, dass sich die Regierung, insbesondere der damalige Kanzleramtschef Frank-Walter Steinmeier (SPD), nicht um eine Freilassung des in Guanatanamo inhaftierten Murat Kurnaz bemüht habe. Obwohl gegen Kurnaz keine stichhaltigen Beweise vorgelegen haben, monierte Stadler.
Nach Ansicht Stadlers ist in dieser Zeit ein fataler Paradigmenwechsel vollzogen worden. Statt "im Zweifel für die Freiheit" zu entscheiden habe die damalige Regierung nach dem Motto "im Zweifel für die Sicherheit" gehandelt. Zudem steht für Stadler der BND-Einsatz in Bagdad im Widerspruch zur öffentlich definierten Irak-Politik der rot-grünen Bundesregierung und vor allem zu den Wahlkampfäußerungen von Ex-Kanzler Gerhard Schröder (SPD).